台湾自古就是中国的领土，但屡遭外人侵略。福建福清人、三朝名相叶向高虽长期在朝廷为官，但他始终密切关注海洋社会，尤其关注台湾、澎湖的安危。他力主捍卫台湾、澎湖，为祖国统一做出了积极贡献。
台湾在明代称为“东番”、“鸡笼”、“淡水”等。1590年，丰臣秀吉统一日本大业后，于万历二十年至二十六年（1592-1598年）发动了侵略朝鲜的战争。虽然当时叶向高只是中层官员，但他始终关注台湾的安危，认为日本侵略朝鲜后，必然觊觎台湾，因此借诗句表达了担忧：“属国事东南久晏安，长鲸何事簛狂澜。诸番半苦倭奴暴，边吏全骄汉法宽。强怒楼船皆出戍，度辽横海各登坛。扶桑回首犹烽火，愁绝秋风壁垒寒。”
不出叶向高所料，丰臣秀吉侵略朝鲜的同时，也对中国东南沿海频频侵扰，台湾局势一度告急。万历十九年（1591年），因守母制在家的叶向高听到倭警后，写下了“旅况尊中尽，冥搜象外幽。忽传烽火急，临眺且销忧”、“海上谁刊战伐勋，居人尽说戚将军。青磷夜泣殊方鬼，赤羽秋摇故垒云。一自营门沉太白，只令穷岛起妖氛”之句。
万历二十一年（1593年），日本出使吕宋的使者原田喜右卫门，在返回途中经过台湾时，以日本“关白”名义向台湾发出“招谕书”，威逼台湾人民向日本称臣纳贡。万历二十五年（1597年），丰臣秀吉病死，德川家康掌权，继续图谋占领台湾。而此时，明朝政府在澎湖设置游兵，加强了对澎湖、台湾的巡守。不久，日本指派钦门墩率战船200多艘，准备侵略台湾。由于明朝廷早有防范，侵略者的阴谋未能得逞。
万历三十年（1602年），沈有容率领福建水师的24艘船只向东番进发。经过几番激战，打败了在台湾集结的倭寇，取得了海战的全面胜利。东番之役扬威海疆，是明军第一次到台湾剿灭外国侵略者，极大振奋了东南沿海军民的抗倭信心。连江人陈第参加了该战役，过程记载在其撰写的《东番记》和《舟师客问》中，成为后人了解、研究台湾的原始文献。叶向高获悉好友沈有容打败倭寇的喜讯后，欣然赋诗以赠：“二十年前早识君，酒酣曾颂豹韬文。天涯久忆鸿书断，海上频传露布闻。家世龙头推太史，功名燕颔属将军。扶桑万里无烽火，箫鼓楼船日征曛。”
万历三十二年（1604年），叶向高又借石湖澳浯屿水寨落成之机，对沈有容的平倭之举予以高度评价：“……赖诸大夫及将军之力，赳赳桓桓，干城兹土，用驰于戒心，此百世之伐也”“……沈将军经营拮据，不遗余力，亦安能令草创之区，一朝完缮，使士卒如归，忘其转徙之若是也？而将军又不敢即安，乘风破浪，与倭力角而胜之，其功于兹寨亦岂小哉？使自此而守土者纡画周防，益怀彻桑之虑，而将士皆戮力同心，务殄凶逆，微独清源，即全闽皆有赖矣，是可述也。”六年后的八月二十一日，倭寇从浙江流窜到福建福清的万安千户所，并掠夺草屿岛的农民。沈有容闻讯后，立即予以反击。叶向高再次赞赏其平倭之举。
从万历三十二年（1604年）起，日本浪人山田长正率众不断侵扰台湾，并在小琉球岛（高雄南部的一小岛）驻扎，寻衅生事，谋图侵犯鸡笼（基隆），后又登陆台湾，在花莲采金。为反抗日本的侵略，明朝廷屯军逼走倭寇。万历三十九年（1611年），日本人有马晴信奉命率兵侵扰台湾，侦察台湾沿岸港湾，调查台湾物产，计划开展日本与中国内地在台湾的中继贸易，并“招谕”台湾向日本入贡。有马晴信的侵扰遭到了台湾人民的抵抗。
万历四十年（1612年），福建巡抚丁继嗣写信给叶向高，就日本占领琉球征询他的意见。叶向高回信曰：“琉球即折而入于倭，倭之借寇以通贡亦必然之势，如此则滨海之祸将不可言，来叫所云严查而拒绝之，其策亦无以易此也。”叶向高同时上书朝廷：“臣闻琉球已为倭奴所并……窥伺中国之谋，心甚叵测……东南之事，甚为可忧……”对日本占领琉球后可能危及东南沿海表示忧虑。这从叶向高给丁继嗣的另一信可见一斑：“今所虑者，彼既吞琉球，渐而据鸡笼、淡水，去我愈近，驱之则不能，防之则难备，是剥肤之灾，而将何策以处也。”
万历四十三年（1615年），日本再次组织武装侵略台湾，并极力主张占领台湾，作为日本发展南洋贸易的基地。次年，倭寇骚扰东南沿海，由于当地水师防范不力，料罗（今属金门）、大金堡（今属霞浦）两地失事，倭寇大肆屠戮当地居民。
此时，已退居林下的叶向高闻讯后，立即给时任福建按擦御史的李凌云去信：“林下病夫，久不敢通候，海警骤传，敝邑人惩于戊午之破城，屠戮甚惨，皆有谭虎之惧……”叶向高在信中还对内地奸民私通倭寇之事提出看法：“鄙意以为闽中之患不在倭而在内地之奸民……长此不已，其害更甚于倭，即倭来，亦此辈勾之，此腹心之病，未易卒除，亦未易言也。”
叶向高同时建议金学曾重新启用自己的好友、水师将领沈有容，还致信福建海道副使韩壁哉做了推荐：“故将沈有容，人皆以为可用，倘取来，缓急亦得力也。”叶向高在给沈有容的一封信中说：“久不相闻，良深瞻忆，仆在伦扉奉职无状，愆戾归来，伏枕杜门……敝乡今岁海警乍闻，人情惶忧，咸欲借重干成……希速命驾以慰此邦想望也……”随后，沈有容被任命为水标参将。沈有容到任后，立即整肃海纪，训练兵士，大力加强海防建设。
万历四十五年（1617年），倭寇村山秋安所部的3只大船在东沙岛触礁抛锚，随后在岛上劫掠财物。沈有容兵分三路对其进行合围。村山秋安被迫与沈有容进行谈判，67名倭寇缴械投降。东沙之役是明朝东南沿海抗倭历史上生擒倭寇最多的一次战役。正在家中养病的叶向高闻讯后，十分高兴，再次赋诗以赠“海门一夜狂飙起，长鲸吸尽沧海水。涛作浪奔蜃窟翻，楼船下濑皆披靡。是时赖有沈将军，冲锋破浪扫妖氛……君从塞上来闽海，意气相看还不改。燕颔功名万里传，东番片石今犹在。”
台湾在明代称为“东番”、“鸡笼”、“淡水”等。1590年，丰臣秀吉统一日本大业后，于万历二十年至二十六年（1592-1598年）发动了侵略朝鲜的战争。虽然当时叶向高只是中层官员，但他始终关注台湾的安危，认为日本侵略朝鲜后，必然觊觎台湾，因此借诗句表达了担忧：“属国事东南久晏安，长鲸何事簛狂澜。诸番半苦倭奴暴，边吏全骄汉法宽。强怒楼船皆出戍，度辽横海各登坛。扶桑回首犹烽火，愁绝秋风壁垒寒。”
不出叶向高所料，丰臣秀吉侵略朝鲜的同时，也对中国东南沿海频频侵扰，台湾局势一度告急。万历十九年（1591年），因守母制在家的叶向高听到倭警后，写下了“旅况尊中尽，冥搜象外幽。忽传烽火急，临眺且销忧”、“海上谁刊战伐勋，居人尽说戚将军。青磷夜泣殊方鬼，赤羽秋摇故垒云。一自营门沉太白，只令穷岛起妖氛”之句。
万历二十一年（1593年），日本出使吕宋的使者原田喜右卫门，在返回途中经过台湾时，以日本“关白”名义向台湾发出“招谕书”，威逼台湾人民向日本称臣纳贡。万历二十五年（1597年），丰臣秀吉病死，德川家康掌权，继续图谋占领台湾。而此时，明朝政府在澎湖设置游兵，加强了对澎湖、台湾的巡守。不久，日本指派钦门墩率战船200多艘，准备侵略台湾。由于明朝廷早有防范，侵略者的阴谋未能得逞。
万历三十年（1602年），沈有容率领福建水师的24艘船只向东番进发。经过几番激战，打败了在台湾集结的倭寇，取得了海战的全面胜利。东番之役扬威海疆，是明军第一次到台湾剿灭外国侵略者，极大振奋了东南沿海军民的抗倭信心。连江人陈第参加了该战役，过程记载在其撰写的《东番记》和《舟师客问》中，成为后人了解、研究台湾的原始文献。叶向高获悉好友沈有容打败倭寇的喜讯后，欣然赋诗以赠：“二十年前早识君，酒酣曾颂豹韬文。天涯久忆鸿书断，海上频传露布闻。家世龙头推太史，功名燕颔属将军。扶桑万里无烽火，箫鼓楼船日征曛。”
万历三十二年（1604年），叶向高又借石湖澳浯屿水寨落成之机，对沈有容的平倭之举予以高度评价：“……赖诸大夫及将军之力，赳赳桓桓，干城兹土，用驰于戒心，此百世之伐也”“……沈将军经营拮据，不遗余力，亦安能令草创之区，一朝完缮，使士卒如归，忘其转徙之若是也？而将军又不敢即安，乘风破浪，与倭力角而胜之，其功于兹寨亦岂小哉？使自此而守土者纡画周防，益怀彻桑之虑，而将士皆戮力同心，务殄凶逆，微独清源，即全闽皆有赖矣，是可述也。”六年后的八月二十一日，倭寇从浙江流窜到福建福清的万安千户所，并掠夺草屿岛的农民。沈有容闻讯后，立即予以反击。叶向高再次赞赏其平倭之举。
从万历三十二年（1604年）起，日本浪人山田长正率众不断侵扰台湾，并在小琉球岛（高雄南部的一小岛）驻扎，寻衅生事，谋图侵犯鸡笼（基隆），后又登陆台湾，在花莲采金。为反抗日本的侵略，明朝廷屯军逼走倭寇。万历三十九年（1611年），日本人有马晴信奉命率兵侵扰台湾，侦察台湾沿岸港湾，调查台湾物产，计划开展日本与中国内地在台湾的中继贸易，并“招谕”台湾向日本入贡。有马晴信的侵扰遭到了台湾人民的抵抗。
万历四十年（1612年），福建巡抚丁继嗣写信给叶向高，就日本占领琉球征询他的意见。叶向高回信曰：“琉球即折而入于倭，倭之借寇以通贡亦必然之势，如此则滨海之祸将不可言，来叫所云严查而拒绝之，其策亦无以易此也。”叶向高同时上书朝廷：“臣闻琉球已为倭奴所并……窥伺中国之谋，心甚叵测……东南之事，甚为可忧……”对日本占领琉球后可能危及东南沿海表示忧虑。这从叶向高给丁继嗣的另一信可见一斑：“今所虑者，彼既吞琉球，渐而据鸡笼、淡水，去我愈近，驱之则不能，防之则难备，是剥肤之灾，而将何策以处也。”
万历四十三年（1615年），日本再次组织武装侵略台湾，并极力主张占领台湾，作为日本发展南洋贸易的基地。次年，倭寇骚扰东南沿海，由于当地水师防范不力，料罗（今属金门）、大金堡（今属霞浦）两地失事，倭寇大肆屠戮当地居民。
此时，已退居林下的叶向高闻讯后，立即给时任福建按擦御史的李凌云去信：“林下病夫，久不敢通候，海警骤传，敝邑人惩于戊午之破城，屠戮甚惨，皆有谭虎之惧……”叶向高在信中还对内地奸民私通倭寇之事提出看法：“鄙意以为闽中之患不在倭而在内地之奸民……长此不已，其害更甚于倭，即倭来，亦此辈勾之，此腹心之病，未易卒除，亦未易言也。”
叶向高同时建议金学曾重新启用自己的好友、水师将领沈有容，还致信福建海道副使韩壁哉做了推荐：“故将沈有容，人皆以为可用，倘取来，缓急亦得力也。”叶向高在给沈有容的一封信中说：“久不相闻，良深瞻忆，仆在伦扉奉职无状，愆戾归来，伏枕杜门……敝乡今岁海警乍闻，人情惶忧，咸欲借重干成……希速命驾以慰此邦想望也……”随后，沈有容被任命为水标参将。沈有容到任后，立即整肃海纪，训练兵士，大力加强海防建设。
万历四十五年（1617年），倭寇村山秋安所部的3只大船在东沙岛触礁抛锚，随后在岛上劫掠财物。沈有容兵分三路对其进行合围。村山秋安被迫与沈有容进行谈判，67名倭寇缴械投降。东沙之役是明朝东南沿海抗倭历史上生擒倭寇最多的一次战役。正在家中养病的叶向高闻讯后，十分高兴，再次赋诗以赠“海门一夜狂飙起，长鲸吸尽沧海水。涛作浪奔蜃窟翻，楼船下濑皆披靡。是时赖有沈将军，冲锋破浪扫妖氛……君从塞上来闽海，意气相看还不改。燕颔功名万里传，东番片石今犹在。”